Đứng đầu Phòng Thanh tra là quyền Trưởng phòng do Hiệu trưởng bổ nhiệm, giúp việc Trưởng phòng là các Phó Trưởng phòng do Trưởng phòng đề nghị Hiệu trưởng bổ nhiệm, công việc cụ thể của các Phó Trưởng phòng do Trưởng phòng phân công. Dưới các Phó Trưởng phòng là các Tổ chuyên môn bao gồm: ” Tổ thống kê tổng hợp”, ” Tổ khiếu nại , tố cáo”, và ” Tổ Thanh tra”. Các Tổ chuyên môn phải chịu trách nhiệm tổ chức thực hiện công việc của mình theo sự phân công của ban lãnh đạo Phòng. Mỗi Tổ chuyên môn bao gồm có các nhân viên được phân công thực hiện các công việc và chịu sự phân công công việc từ  lãnh đạo Phòng.